Kasulikke mikroobe (e.mittepatogeenseid) rakendatakse toiduainete valmistamisel. Pärmiseente kultuure läheb vaja pagari-,veini- ja õlletööstuses, piimhappebaktereid hapupiimatoodete ja juustu valmistamisel ning köögiviljade soolamisel ja hapendamisel.
Kasulike mikroobide alla kuuluvad ka sooltes ja mujal limaskestadel pesitsevad mikroobid.
Mikroobide kasuliku tegevuse tulemuseks on loomsete ja taimsete orgaaniliste jäänuste muutmine huumuseks. Orgaanilise aine lagunemisel vabaneb süsihappegaas, mida vajavad kõik rohelised taimed.
Seega ilma mikroobideta poleks elu võimalik.